乡村基因退市的原因主要包括：

1. 人口流失：随着城市化进程的加快，农村人口不断向城市转移，导致乡村基因的经营困难。许多乡村基因因为人口减少而无法维持正常经营，最终不得不选择退市。

2. 经济困难：部分乡村基因由于经营不善、市场竞争激烈等原因，经营状况不佳，无法持续经营下去，最终选择了退市。

3. 市场需求变化：随着消费升级和市场需求变化，一些乡村基因的产品或服务可能不再符合市场需求，导致销售额下降，无法维持正常经营。

4. 管理困难：一些乡村基因由于管理不善、资源整合困难等原因，导致经营效率低下，无法保持竞争力，最终选择了退市。

总的来说，乡村基因退市的原因主要是由于人口流失、经济困难、市场需求变化和管理困难等因素的综合作用，导致其无法继续经营下去，只能选择退市。