新三板是指中国的全国中小企业股份转让系统，也被称为“新三板市场”。在新三板市场中，股份的转让是通过协议转让的方式进行的。下面将详细概述新三板如何进行协议转让的过程。

1. 协议签订：卖方和买方首先需要达成股权转让的协议，明确双方的权利义务、转让条件、价格等相关事项。协议应当明确排除政治、seqing、db和暴力等禁止性内容。

2. 信息披露：协议签订后，卖方需要向全国中小企业股份转让系统提交相关的信息披露材料。这些材料包括股权转让的公告、转让方案、交易价格、交易各方的基本信息等。信息披露的目的是确保市场透明度和投资者的知情权。

3. 股权转让登记：全国中小企业股份转让系统会对提交的信息进行审核，并在通过后进行股权转让登记。登记后，买方将正式成为该股权的持有人。

4. 资金交割：完成股权转让登记后，卖方和买方需要履行双方在协议中约定的资金交割义务。一般情况下，资金交割是通过银行转账等方式进行的。

5. 股权过户：完成资金交割后，买方需要向全国中小企业股份转让系统提交股权过户申请。该申请通常包括相关的股权转让文件和过户申请表等。系统会对申请进行审核，并在通过后进行股权过户。

6. 更新登记：股权过户完成后，全国中小企业股份转让系统将更新股权的登记信息，包括股权的所有人和持股比例等。这样，买方正式成为该股权的合法所有人。

综上所述，新三板的协议转让过程主要包括协议签订、信息披露、股权转让登记、资金交割、股权过户和更新登记等环节。在整个过程中，要遵守相关法律法规，确保交易的合法性和规范性。